Q&A

蛋白質鑑定

1. 樣品濃度與保存條件

樣品經電泳膠體分離後,Coomassie Blue染色可見的,挖取膠體後可直接進行分析,通常能成功鑑定到蛋白質。如為高靈敏的染色(例如銀染)或是您對樣品量十分不確定,為提高鑑定成功率,可多跑幾個相同樣品,合併多個同一位點的膠體樣品,經前處理操作後,混和於同次進行質譜分析。非電泳膠體或溶液狀態之樣品,請以大約的濃度估算,並提供至少pmol等級的樣品量,以提高成功鑑定的機率。若樣品的溶液組成並非一般溶液或含有detergent,請先與我們討論後再行送樣。
蛋白質樣品請務必使用低溫寄送,視樣品特性使用一般冷藏或冷凍宅配皆可。若需要進行特定的蛋白質修飾分析,如磷酸化蛋白質樣品,請用冷凍或超低溫(乾冰)寄送

2. 分析時間

一般蛋白質鑑定分析需要一到兩週的時間,若代為進行酵素消化水解則可能需要多幾天的時間得到分析結果。

3. 報告

蛋白質鑑定報告會以電子檔的形式寄送,並附上資料庫搜尋結果的網頁檔。在一定的時間內,您可連線到我們的伺服器看搜尋結果的細節。如果有需要,我們亦可提供Peak list 檔案,您可以用不同的搜尋參數在Mascot的網路免費版自行做搜尋。詳見Mascot資料庫搜尋方法。Mascot搜尋引擎目前已廣泛地應用於蛋白質分析研究,適用於各式學術論文發表並接受於科學期刊。
請先詳閱Mascot搜尋結果簡易教學,以及Matrix Science網站之解說,有任何問題,請與我們聯絡,我們將有專人為您解答。

分子量測定

1. 樣品濃度與保存條件

若不是分子量很大的蛋白質(例如<80 kDa),且不含任何修飾,請提供至少100 pmol的蛋白質樣品量,以提高分析測定的成功率。若蛋白質分子量範圍很大,或是含有磷酸化、醣基化或雙硫鍵等修飾作用,可能必須進行適當的前處理步驟,例如去醣或還原,才能得到較精確的分子量,如為此種狀況,請準備1nmol進行分析。若樣品量相當有限,或樣品的溶液組成含有detergent,請先與我們討論後再行送樣。
蛋白質樣品請務必使用低溫寄送,視樣品特性使用一般冷藏或冷凍宅配皆可。

2. 分析時間

一般分子量測定需要一到兩週的時間。

3. 報告

分子量測定報告會以電子檔的形式寄送,質譜原始圖譜以及經過處理(deconvolution)後的圖譜資訊皆會附在報告內。
由於我們使用高解析質譜儀進行分子量測定,對於分子量較小的蛋白質,我們會盡可能提供單一同位素的分子量,單一同位素分子量在進行序列比對上,或預測蛋白質可能發生的修飾作用時有相當大的幫助。若是分子量較大的蛋白質,或蛋白質上有較不穩定的修飾作用(通常此蛋白質樣品內可能較為heterogeneous),我們則會提供平均分子量。
分子量分析不適用於複雜的蛋白質混和物,因為蛋白質本身的游離化效率不同,彼此的訊號會相互干擾,除了圖譜的訊號品質可能不佳外,所測到的分子量不一定是樣品中的主要的蛋白質成分。若您送測的樣品為蛋白質混和物,我們將僅針對訊號前三強的蛋白質進行訊號解析(deconvolution)。若有特殊需求,歡迎與我們討論後再行送樣。

關於專案分析

1. 樣品濃度與保存條件

依委託專案所要求的分析項目,所需要的樣品量皆不相同,請先與我們聯絡後再行送樣。
蛋白質樣品請務必使用低溫寄送,視樣品特性使用一般冷藏或冷凍宅配皆可。若要分析特定的蛋白質修飾作用例如磷酸化,請用冷凍或超低溫(乾冰)寄送。

2. 分析時間

專案分析通常需要四週至六個月的分析時間,以下為例行之分析項目概略的分析時間,實際時間與樣品複雜度及樣品數目有關。已建立方法之樣品批次分析時間亦可縮短。若有快速分析需求請與我們聯絡。
分析項目 需要時間(月)
全系統蛋白質鑑定(分段掃描) 1
全系統蛋白質鑑定(散彈式) 2
雙硫鍵分析 1-2
磷酸化位點 1
醣基化位點 1
醣結構分析 1-2
相對定量分析 2-4

3. 報告

每一份專案委託分析都會提供一份正式的英文報告,內容包含樣品資訊、摘要、實驗材料、實驗方法、分析結果以及相關的圖譜或表格資訊。
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