由美國Proteome software公司所設計之Scaffold軟體，可用於將數據圖示化呈現並驗證質譜分析結果，進以協助研究人員比對並分析生物樣品中的蛋白質。

Scaffold軟體能夠支援分析大多數搜尋軟體的檢索結果，且能對來自於不同軟體、不同儀器、不同實驗的數據，進行自由組合並圖示化呈現，讓使用者可以評估數據結果並製作各類詳細報告和圖表。

Scaffold可支援分析來自Mascot、Sequest、Proteome Discoverer、MaxQuant、PEAKS、X!Tandem、OMSSA 等搜尋引擎產生的分析數據。利用進階分析功能：Scaffold Q+用以分析iTRAQ/TMT 定量數據；Scaffold Q+S 能夠分析SILAC定量數據以及Label-free定量數據；Scaffold PTM 能夠分析蛋白質磷酸化等轉譯後修飾。可見Scaffold對於驗證質譜產出的研究數據分析之重要性。

綜合Scaffold特色：
 ► 可有效整合多個 MS/MS 搜尋引擎產生的數據。
 ► Scaffold 可進行驗證、組織、解析質譜數據。
 ► Scaffold 讓使用者用更簡單的方式來管理大量的數據，比較不同樣品間的差異，搜尋蛋白質的修飾。
 ► 整合Gene Ontology資料庫，視覺化呈現蛋白質的功能。

►Scaffold 軟體提供可視化和驗證複雜的蛋白質體實驗數據

►具統計視圖功能驗證胜肽及蛋白質結果